Pain, den kriminelle ninja-organisation Akatsukis gådefulde leder, og hans kvindelige rejsekammerat Konan er på jagt efter Narutos gamle læremester, Jiraiya. Jiraiya er nemlig trængt ind i det afsondrede land Amegakure - og han og Pain kender hinanden fra gamle dage. Men Pain har fuldstændig forandret sig siden deres ungdom, og nu kan det vise sig, at Jiraiyas fortid har dødbringende konsekvens...